Las advertencias de SSL deberían desaparecer si activa el proxy inverso de Cloudflare ("nube naranja", el registro DNS que apunta a su VPS de Debian). Se le presentará el certificado perimetral de confianza de Cloudflare cuando solicite su URL.
Para una conexión de extremo a extremo totalmente encriptada, use la configuración SSL "Completa (estricta)" en la pestaña Crypto de Cloudflare. De esta manera, las conexiones entre los usuarios finales y el proxy utilizarán el certificado Edge, y las conexiones entre el proxy y su VPS de Debian utilizarán el certificado de Origin.
Referencia: Presentamos CloudFlare Origin CA , la misma página referenciada en la respuesta de @ matt-nordhoff. Aquí hay un extracto de esa página:
Al hacer una pausa en las zonas individuales de CloudFlare o en la nube gris, tenga en cuenta que usted y sus visitantes pueden recibir errores en sus navegadores hasta que vuelvan a aparecer en la nube naranja (proxy inverso).