En resumen, no, estas herramientas no funcionarán en un entorno cifrado. Se iniciarán, considerando que el cifrado es la única restricción, pero, si el problema es un malware, entonces el código malicioso en sí, junto con todo lo demás, está cifrado. Dicho esto, hay herramientas en existencia que pueden aliviar esto. Backtrack, por ejemplo, tiene TrueCrypt incorporado. En una emergencia, uno podría "abrir" el disco y hacer una búsqueda y rescate. Backtrack también tiene herramientas antivirus, aunque en muchos casos sería mejor rescatar archivos críticos y destruir todo.
Sin embargo, si el problema es la corrupción, las cosas comienzan a ser más difíciles. Solo tengo experiencia con TrueCrypt, pero si el encabezado de una clave está dañado y uno ha perdido el disco de reparación, la vida se vuelve más difícil, mucho más difícil.