Estás haciendo dos preguntas diferentes aquí, por lo que abordaré cada una:
¿Google guarda un archivo que guardo en modo dev?
Sí, sí, Google realmente no respeta la privacidad, incluso si dicen que lo hacen, y si estás en el modo de desarrollador, eres un objetivo mucho más interesante para el seguimiento.
¿Es invisible para Chrome OS si guardo archivos en modo dev?
No, nuevamente: todo está visible, esto se puede configurar en la configuración (piense en el sistema operativo Windows con la opción de archivos ocultos).
En una nota al margen, un archivo nunca es verdaderamente "invisible" para un sistema operativo, siempre hay una manera de hacer visibles los archivos invisibles.