Ciertamente, el cifrado es mejor que el texto simple.
Sin embargo, almacenar una contraseña en la aplicación aún tiene algunos problemas en mi mente. Al hacerlo, básicamente le está permitiendo a cualquier persona con control de su computadora (el "pirata informático" en su pregunta) acceder a su servidor FTP sin credenciales. En ese momento, realmente no necesitan descifrar sus contraseñas ... Solo pueden iniciar sesión y comprometer los archivos en el servidor sin saber la contraseña.
Mi recomendación siempre es usar un administrador de contraseñas que admita la autenticación de 2 factores. Almacene sus contraseñas allí en lugar de dentro de varias aplicaciones escritas por varias personas que utilizan distintos niveles de cifrado.
O use las teclas como se indica en @shadur en los comentarios anteriores ... Protegido con una frase de contraseña.