Sí, los datos EXIF se pueden guardar, dependiendo de cómo funcionen sus herramientas PDF.
Como ejemplo, puede tomar un JPEG con datos EXIF, ponerlo en LibreOffice Writer, luego guardar ese documento como un PDF con "Compresión sin pérdida" habilitado y "Reducir imagen DPI" deshabilitado. Si luego extraes imágenes de ese PDF (hay muchas herramientas para esto, usé una en línea para la velocidad) los datos JPEG EXIF seguirán allí.
Si habilita la compresión JPEG con pérdida, al menos en el diálogo de exportación a PDF de LibreOffice, parece que el JPEG se vuelve a comprimir a un nuevo archivo con datos EXIF eliminados.
No es difícil eliminar los datos EXIF de las imágenes en Windows, y debería poder hablar sobre el proceso. Para cada imagen, haga clic con el botón derecho, vaya a propiedades, vaya a la pestaña de detalles, haga clic en el enlace "Eliminar propiedades e información personal" en la parte inferior, seleccione "Eliminar las siguientes propiedades de este archivo", haga clic en el botón Seleccionar todo, luego haga clic en Aceptar.