De manera realista, los virus MBR solo pueden cargarse si arrancas directamente en el disco, lo que generalmente significa habilitar el arranque del disco duro USB y elegir manualmente iniciar el disco. Como tal, probablemente no debería preocuparse por los virus MBR a menos que tenga la intención de iniciar desde el disco.
Convertir de MBR a GPT teóricamente puede preservar el código de inicio, en cuyo caso un formato podría no ser suficiente. En su lugar, te recomiendo que solo cenes el MBR y comiences de nuevo. Escriba 512 0x00 bytes en Sector 0 / LBA 0, que básicamente le dirá a las utilidades de formato que se trata de un disco unitializado.
Luego, cree el MBR, cree su primera partición y luego formatee el sistema de archivos para esa partición. Esto configurará todas las estructuras de datos requeridas sin preservar nada de lo que pudo haber estado allí antes. Todo el proceso debería tomar menos de un minuto y es menos probable que deje el código de inicio sobrante que podría sobrevivir a la conversión.