En muchos casos, los certificados intermedios sí significan algo. A veces significa el nivel de seguro (cuánto le pagará el firmante en caso de una verificación fraudulenta) o puede significar el nivel de validación (solo dominio verificado o verificado completamente con los detalles de la compañía y todo).
En este caso, Comodo ni siquiera es el principal firmante. En su lugar, es una empresa llamada UserTrust ( enlace ). Al parecer, la Compañía es propiedad de Comodo, lo que podría indicar que Comodo otorga licencias de sus certificados a otras CA, por lo que esas CA no quieren que "Comodo" sea su principal certificado.
Ahora hemos recorrido 2 pasos por la cadena.
El tercer certificado, en el caso de Comodo, indica el nivel de verificación. Para el certificado SSL utilizado en el propio sitio web de Comodo, ese certificado intermedio indica que el certificado del sitio es un certificado "EV Green Adress bar". El cuarto certificado es el propio certificado del sitio.