Mi intuición es que el modelo MVC, o, en realidad, cualquier modelo claramente definido, tiende a disminuir los riesgos de seguridad. Aunque las cosas no son tan claras.
Desde un punto de vista muy general, los problemas de seguridad son un tipo especial de error, en la implementación o en la estructura (posiblemente la especificación). La dilución del conocimiento es un factor de riesgo enorme: los errores ocurren con más frecuencia cuando hay más personas involucradas en el proyecto. Para mantener todo seguro, debe haber alguien, en algún momento, con una visión transversal del proyecto, que pueda pensar arquitectónicamente y captar las interacciones entre todos los módulos; esto se vuelve más difícil cuando el tamaño del proyecto crece. Para decir las cosas en palabras sencillas, para un kernel de Linux seguro, necesita un Linus Torvalds: un jefe que reciba toda la información.
Cualquier modelo limpio que defina los roles y las tareas de los submódulos de manera clara, como la arquitectura MVC, ayudará mucho a esa persona que piensa. Hace que sea posible mantener el marco de pensamiento de seguridad necesario para todo el proyecto, cuando el proyecto se vuelve enorme. Por otro lado, el modelo MVC alienta a lanzar más desarrolladores a un proyecto, lo que aumenta mecánicamente los riesgos de seguridad, por lo que MVC es una bendición mixta.
Como regla básica, cuanto más pequeño sea el proyecto, más seguro podrá obtener. El Lone Wolf Developer model le brindará aplicaciones más seguras y probablemente las entregará más rápido, pero con menos funciones.