SQLite no es como un DBMS tradicional, ya que no sirve el contenido de la base de datos a una red de computadoras. En realidad es un poco como almacenar todo en un archivo. SQLite permitirá que su aplicación cargue ese archivo y lo consulte.
Como tal, no hay necesidad ni ventaja para un sistema de cuentas de usuario ya que solo los programas en la misma computadora pueden interactuar con él de todos modos. El sistema de permisos de archivos del sistema operativo debe proporcionar protección contra la lectura / escritura no autorizada. Por supuesto, la máquina en la que se encuentra este sistema debe estar protegida, ya que cualquier persona con acceso adecuado en esta máquina puede leer / editar la base de datos.
Si, por ejemplo, desea poder leer solo la tabla A, pero leer y escribir la tabla B, debe usar 2 archivos de base de datos, uno con solo permisos de lectura y el otro con permisos de lectura / escritura. Cómo haces esto depende del sistema operativo.