Una GPU de gama alta hace que sea muy fácil realizar cualquier tipo de proceso computacional que pueda ser altamente paralelizado, cada proceso individual no necesita mucha memoria y requiere operaciones similares para diferentes entradas de inicio.
Entonces, si tiene hash md5 con sales con las que desea encontrar la contraseña que acompaña, es trivial; por ejemplo, genere un esquema simple para alimentar a la GPU miles de millones de contraseñas por segundo para probarlas simultáneamente y compararlas con los hashes que tiene. También puedes hacer cosas como intentar construir tablas hash rainbow también.
Otro buen candidato sería el descifrado forzado de un archivo cifrado con un cifrado sólido. Una GPU podría ser utilizada para paralelizar el proceso de descifrado de prueba bajo muchas frases de contraseña candidatas.
No diría que minería de bitcoin es maliciosa; es básicamente el método deseado para generar moneda (excepto que una GPU lo hace más eficiente).
Fuera de la parte superior de mi cabeza también podría usar un GPU para romper mejor los CAPTCHAs simples utilizando técnicas de visión artificial.