La respuesta corta es que el MD5 se discute ampliamente debido a su uso histórico generalizado, y el MD6 no se usa porque está relativamente sin uso y se ha desvanecido en la oscuridad debido a una multitud de alternativas mejores.
¿Por qué no es más popular? Fue un participante en la competencia SHA-3, pero fue eliminado en la primera ronda porque simplemente no se comparó con la competencia. Era notablemente más lento que otros competidores, no ofrecía muchas ventajas en cuanto a ellos, y sus pruebas formales no estaban completas.
Mientras tanto, SHA-2 aún se considera seguro y se usa ampliamente, se eligió el compendio Keccak para convertirse en SHA-3 y sirve como respaldo de emergencia en caso de que las construcciones Merkle-Damgård en general se rompan, y BLAKE2 - a derivado de uno de los otros finalistas en la competencia SHA-3: ha obtenido soporte como sucesor directo de SHA-2 debido a la mejora de la velocidad, la seguridad y las características. Dado esto, no hay muchas razones para que alguien considere MD6.