No, no estarán muy aislados.
Cada instalación se aislará de un uso normal . Por ejemplo, una actualización de Windows instalada en un Windows, no se aplicará a la otra.
El principal problema, según lo insinuado por Rory Aslop, es que ambos podrán verse cada una de las particiones. Así que un virus que por ejemplo. infectado cada .exe
archivos en la computadora, infectará ambas instalaciones.
Este no suele ser el caso si tiene un sistema operativo diferente. Windows 98 no podrá leer una instalación de Windows 8, ni tampoco Windows 8 leerá un sistema de archivos Linux.¹ Por lo tanto, sería mucho más difícil que un virus en el primero afecte al posterior, aunque no imposible: recuerde que no hay ningún problema físico. separación. El virus podría incluir un controlador para el otro sistema de archivos, podría buscar en el disco sin formato los archivos para infectar o, más simple, simplemente limpiar todo el disco.
Como parece querer que estén aislados unos de otros, yo haría que la partición del sistema operativo no esté arrancado / desasignado actualmente su letra de unidad, por lo que al menos un malware necesitaría montarlo para acceder allí. en lugar de simplemente infectar todas las unidades montadas.
¹ Tenga en cuenta que lo contrario a menudo no es cierto.