Cuando creas una tarea programada en Windows, te da la opción de ejecutar la tarea como un usuario diferente, incluso guardar la contraseña.
¿Qué tan segura es la contraseña que se almacena?
No lo he verificado, pero la forma obvia en Windows sería usar CryptProtectData con CRYPTPROTECT_LOCAL_MACHINE .
Al menos esa es la forma en que se almacenan las contraseñas en SQL Server Management Studio ... reversable ... ;-)