Desde un punto de vista de seguridad, todas las opciones que menciona son adecuadas, siempre que estén configuradas de forma segura. La configuración segura es principalmente sobre la gestión de claves; El modelo que sugeriría es que cada servidor tiene su propia clave privada y también las claves públicas de todos los servidores con los que necesita hablar.
Debe considerar si desea que los servidores se comuniquen directamente entre sí o si desea un concentrador central. SSH y SSL se ajustan naturalmente al modelo peer-to-peer. Las VPN generalmente favorecerían el modelo de hub, pero es posible tener una VPN peer-to-peer, por ejemplo. Freelan .
Si necesita asegurar una variedad de protocolos, entonces una VPN puede ser la mejor opción, ya que puede configurar la seguridad una vez, y todos los protocolos se benefician de la seguridad de la VPN. Si es solo un protocolo, entonces preferiría SSH para la administración y las transferencias de archivos, y SSL para todo lo demás.