Son tan vulnerables como cualquier otro software a una vulnerabilidad, por lo que a su pregunta específica sería igual de vulnerable. Sin embargo, recuerde que en el caso de shellshock, el honeypot tendría que pasar información a un shell bash para ser vulnerable. Por supuesto, si otro componente del sistema es vulnerable, el honeypot aún podría verse comprometido usando otro vector.
La única diferencia entre un honeypot y otro software es que un honeypot está diseñado para ser atacado, por lo que a menudo ponen controles estrictos alrededor de cualquier mecanismo que utilicen para capturar malware, exploits, etc. Es poco probable que un honeypot pase información a un shell bash dado que se sabe que es arriesgado, pero que todo es posible.