Respuesta corta: sí.

¿Por qué?

1. Si el malware / virus se entrega a través de una aplicación / archivo y la aplicación / archivo se abre después de que reinstala Windows, el virus / malware se reactivará.

2. Cuando realiza una actualización, no realiza una reinstalación completa de Windows, simplemente la actualiza (por ejemplo, de Vista a 7). Si esto sucede, es muy probable que el virus se ejecute igual de bien en la nueva versión (no subestime la compatibilidad de malware y virus).

Si está eliminando por completo todo lo que está en el disco duro, es muy probable que su PC esté libre de virus. Sin embargo, si tiene su Windows en la unidad C: y el virus / malware en otra unidad, es muy posible que vuelva a activarse si activa alguna parte.

Hay una serie de otras opciones, pero estas son las más comunes que se me ocurren. También sería útil si pudiera aclarar lo que entiende al "actualizar a una versión más nueva de Windows".

¿Qué impide que un troyano infecte la BIOS? Puede engañar al usuario para que reinicie, ejecute una buena animación de un chkdsk mientras está parpadeando y luego reinicie otra vez. Ahora incluso puede cambiar el disco duro y no puede deshacerse del troyano. Pensar más en eso me dice que ya se ha hecho.

Muchas cosas son posibles. Si borra totalmente su disco duro y luego instala una versión totalmente limpia, aún es posible que el troyano persista (vea la respuesta de @ott -). Pero si hace una reinstalación limpia, no es muy probable, IMO.

El proceso normal de actualización de Windows solo reemplaza al sistema operativo y no toca ninguna aplicación de terceros que esté instalada. Por lo general, también se encarga de que los programas que están configurados para ejecutarse durante el inicio se sigan ejecutando después de la actualización.

Entonces, cuando un programa que has instalado está infectado con un virus o tienes un malware configurado para ejecutarse en el inicio, una actualización normal de Windows no lo eliminará.